Это связано с тем, что оплата через Paypal отличается от оплаты с помощью «Предоплаты», а используемый шаблон счета-фактуры отличается.
При любом шаблоне электронной почты сначала проверяются папки тем, если шаблон .html не найден, то проверяется папка по умолчанию / базовая. Для решения этой проблемы может потребоваться скопировать / синхронизировать файлы .html, используемые для шаблонов электронной почты, между папками базы и темы.