Одиночные тесты будут запускать @BeforeClass набора, только если их класс расширяет набор.
В связи с тем, что это бессмысленные отношения, я думаю, что решение вашей проблемы - либо определить BeforeClass в чем-то вроде файла TestFunctions.java как Суперкласс для всех Testclass, либо создать BeforeClasses для каждого отдельного Testclass.
Имейте в виду, что аннотации @BeforeClass и @Before суперкласса выполняются до @Before (Class) подкласса, но могут быть переопределены.