Во-первых, это не тот вопрос, который ожидается здесь. Так что о конкретных проблемах программирования. Просто к вашему сведению.
Что касается самого вопроса, Aptana 3 управляет FTP иначе, чем Aptana 2. Вы назначаете соединение для проекта и вручную синхронизируете его с FTP-сервером всякий раз, когда вам это нужно, вместо того, чтобы синхронизировать любые изменения, сделанные на жестком диске. Это экономит полосу пропускания и позволяет вам иметь локальную копию с несохраненными изменениями, почти так же, как вы сделали бы с репозиторием SVN. При желании вы можете вручную синхронизировать локальную копию и FTP-сервер после каждого сохранения (это всего лишь щелчок).