Вещи, которые нужно волшебным образом перейти в веб-приложение, должны быть помещены в JNDI. Это позволяет вам помещать и извлекать объекты в «глобальную хеш-таблицу» где-то снаружи.
Если все, что вам нужно сделать, это указать имя файла конфигурации, тогда передайте свойство (-Dfoo = bar).