Я тоже занимаюсь исследованиями по этой теме. Разрешение на файл является одной из стратегий, но существует очень много векторов.
Но, допустим, в одном сценарии у вас есть доступ к серверу по протоколу FTP или SSH, и кто-то скомпрометировал вход в FTP. Этот логин одинаков для папки public_html учетной записи пользователя. Этот человек может просматривать и читать эти файлы. В значительной степени это плохо. Тем не менее, вы можете иметь конфигурацию в системе, где вы помещаете пользователя только в его домашний каталог.
Возможно, тогда вы сможете создать папку .private на один уровень выше домашней директории этого пользователя. Затем в php-файлы для этого пользователя, у которого есть свои сценарии в public_html, включите файл подключения, который существует в папке .private (например, ../../.private/connect.php).
Я не знаю, сработает ли это, если пользователя посадят в тюрьму, но этот вид кажется безопасностью из-за неясности.