Xcode (предположительно) не различает постановку и фиксацию в Git. Это сделано для того, чтобы обеспечить наименьший общий знаменатель с помощью функций между Git и Subversion (и всем остальным, что они могут добавить в будущем).
Вы проверили с помощью командной строки или вашего любимого клиента GUI, что на самом деле есть выдающиеся изменения? Возможно, Xcode неправильно обновил статус. Я видел эту проблему во всех версиях 4.x. Это очень распространено.