В настоящее время порядок их отображения на экране зависит от того, какой файл завершает загрузку первым.
Вы можете загрузить нужный SWF-файл на переднем плане после загрузки другого:
function startListener(e:Event):void
{
addChild(myLoader.content);
myLoader.load("url_of_the_swf_in_front");
}
или вы можете изменить z-index впоследствии:
stage.setChildIndex(foregroundSwf, stage.numChildren -1);