На всякий случай, если кто-то еще столкнется с этой проблемой: мой проект контролировался исходным кодом. Хотя я никогда не фиксировал проект, Xcode жаловался на отсутствие перемещенных файлов в исходном каталоге (каталог, в котором у меня изначально были файлы до их перемещения). Что расстроило ситуацию, так это то, что в Навигаторе проектов файлы даже не отображались красными, Xcode будет только жаловаться на их отсутствие в Навигаторе проблем. Чтобы решить эту проблему, я должен был зайти в свою программу контроля версий (в моем случае, Cornerstone) и удалить там файлы из исходного каталога. Факт, что проект контролировался исходным кодом, был настоящей проблемой.