Полагаю, мы смотрим на обычное Java-приложение. Eclipse создает конфигурации запуска для нормального выполнения и конфигурации отладки для выполнения отладки. И, как правило, нет существенной разницы между конфигурацией Run и Debug для одного и того же класса.
Самым простым способом было бы начать очистку: перейдите к пункту «Запустить конфигурации ...» и удалите все конфигурации «приложения Java». Затем сделайте то же самое для «Debug Configurations». После этого запустите приложение один раз в обычном режиме и один раз в режиме отладки.
Альтернатива: переключиться на новое рабочее пространство (Файл -> Переключить рабочее пространство), импортировать проект (ы) (Файл -> Импорт ..., обязательно скопировать содержимое) и запустить / отладить приложение.