Убедитесь, что пул приложений, в котором работает ваше приложение, по какой-то причине не перерабатывается. Например, имеет ли он более агрессивный тайм-аут простоя (в тестовом сценарии вы можете быть единственным, кто использует приложение, и, следовательно, если вы его не используете, это не просто неактивный сеанс, а простое приложение).
Разные причины, по которым пул приложений может быть настроен, вызывают перезапуск.
Проверьте журналы событий, когда у вас есть неожиданный таймаут, что-нибудь там выглядит необычно?