Вам просто нужно экранировать кавычки, используя другой набор кавычек:
system('su -c "echo hello"');
Или "избегая" самих цитат:
system("su -c \"echo hello\"");
Или в качестве отдельных аргументов, как указывает mu is too short
:
system("su", "-c", "echo hello");