Я сам наткнулся на эту проблему и, не найдя ответа нигде в интернете, я практически полностью ошибался, пока не нашел ответ. В моем случае я регенерировал XML-файл flex config каждый раз, когда компилировал изнутри ant. Оказывается, это ошибка, которую вы получаете в случае, если он думает, что конфигурация изменилась. Вы можете проверить это, просто прикоснувшись к файлу конфигурации и запустив немодифицированные источники. Таким образом, если временная метка в вашем файле config config.xml изменяется между компиляциями, это, скорее всего, виновник.