мы столкнулись с этой дилеммой, и то, что мы сделали, в значительной степени то, что вы сделали. Мы не начинали таким образом, у нас было массивное решение, которое нужно было разделить на продукты.
И после того, как мы сделали это и избавились от болтовни, мы обнаружили, что у нас осталась структура, очень похожая на то, что вы описываете, у него был каталог с именем src под trunc, а затем структура, которую вы описываете
Нужно следить за тем, чтобы не фиксировать bin или .suo файлы, которые они генерируют каждый раз, и их фиксация является ошибкой.
Не придумывайте совершенно новую структуру, придерживайтесь стандартной структуры ствола, тегов и ветвей, так как это, безусловно, лучшая практика.