Существует множество способов справиться с более сложными путями слияния. Конечно, вы можете исключить некоторые файлы из слияния, но для прямого ответа на этот вопрос: вам придется сливать их каждый раз.
Возьмите, например, файл proj. Если вы добавите ссылку, эта ссылка должна каким-то образом попасть в основную ветку. Конечно, иногда разработчики скачивают SP, которые могут заставить proj-файл обновляться, и вы не хотите, чтобы его подталкивали к основному, но все сводится к тому, чтобы человек, выполняющий слияние, был достаточно умен, чтобы поймать эти вещи, а также разработчику знать, что они пытаются объединить.
Слияние сложно и всегда будет сложно: /