Вы можете написать некоторый код, чтобы внести изменения в следующий ключ в реестре
HKEY_CURRENT_USER \ Программное обеспечение \ Microsoft \ Internet Explorer \ Main \ Отключить отладчик сценариев
В зависимости от того, как у вас есть проект, вы можете связать его с фактической сборкой (с помощью макроса) или, если что-нибудь, просто поместить его где-нибудь в событие Application_Start.
Возвращение к нормальной жизни может быть немного сложнее. Потенциально вы можете наблюдать за процессом iexplore.exe, а когда он умирает, вы возвращаете его обратно.
Надеюсь, это поможет.