Я не думаю, что большинство анализаторов позволят вам добавить недопустимые дублированные теги, такие как <head> и <body>.Вы можете попробовать сначала проанализировать оба URL и извлечь их тела:
$page1 = file_get_html('url1');
$body1 = $page1->find('body');
$page2 = file_get_html('url2');
$body2 = $page2->find('body');
Затем собрать их и проанализировать:
$body1 = $body1->plaintext;
$body2 = $body2->plaintext;
$bodies = str_get_html($body1.$body2);