Единственное, что logged_in делает для драйвера аутентификации по умолчанию, это проверка, существует ли активный сеанс с подходящим ключом, указывающим на вошедшего в систему пользователя.
Ваш вопрос слишком глобален, чтобы дать прямой ответ, но, возможно, проблема связана с неправильными настройками Cookie. Ваш сеанс всегда будет сохранен в Cookie, и если путь и / или домен cookie не настроены должным образом, сеанс будет недействительным, и Auth :: instance () -> logged_in () вернет false.
Проверьте эту ссылку для настройки файлов cookie в Kohana: http://kohanaframework.org/3.2/guide/kohana/cookies