... в течение хороших 2-3 недель код находится только на компьютере инженера и не контролируется версией ...
Хм, хорошо, программирование вне системы контроля версий похоже на вождение с задним ходом: технически выполнимо, но в целом довольно контрпродуктивно.
В этом смысле я бы сказал, что любой другой подход, который каким-либо образом позволяет вашим разработчикам непрерывно держать свою работу под VC, был бы более элегантным , чем вообще ничего. Для этого существует много известных способов - поиск в Google для стратегии ветвления управления версиями 1010 * показывает множество ресурсов, объясняющих ваши варианты и критерии выбора.
Не экспериментируя, довольно сложно сказать, какой из этих вариантов лучше подходит для вашего проекта. При изучении ресурсов, на которые я ссылаюсь выше, я бы рекомендовал проверить детали того, что обычно называется Feature Branch . Эта стратегия довольно близко соответствует случаю, который вы описываете «модули, на выполнение которых уйдет 2-3 недели» - хотя я бы не поспорил, что он лучше всего подходит для вашей команды.
Обратите внимание, что, по крайней мере, для "внутренних" разработчиков необходимо иметь возможность использовать систему контроля версий, отличную от устаревшего и неудобного CVS.