Конфигурация в eclipse.ini
является только для JVM, которая фактически выполняет Eclipse.
Tomcat запускается в своем собственном экземпляре JVM, так что вам это понадобится отдельно.
Предполагая, что вы используете WTP для запуска своего экземпляра Tomcat, вам нужно перейти к конфигурации вашего сервера, нажать «Открыть конфигурацию запуска» и там (на вкладке «Аргументы») отредактировать / добавить аргументы виртуальной машины, чтобы включить нужные -XX:MaxPermSize
аргумент.