Я не знаю пути из командной строки.Вы смотрели на Save Actions?
Preferences => Java => Editor => Save Actions позволяют форматировать весь код всякий раз, когда он сохраняется.Если все используют Eclipse, вы можете распространять свой стандартный XML-файл форматирования и использовать команду «Сохранить действия», чтобы вручную отойти от форматирования.
Недостатком, конечно, является то, что все должны использовать одни и те же настройки проекта.