Ваш сценарий обычно называется миграция базы данных .Вам нужно будет написать сценарий для преобразования существующей базы данных в новый формат, в идеале, импортировав его в новый файл sdf, чтобы не повредить исходный файл.
После этого ваше новое приложение сможетработать с новым файлом, если все идет хорошо.