Носкло правильно, основная проблема в том, что вы перезаписываете весь файл каждый раз, когда пишете в него. Мехматцки также прав в том, что вам также нужно явно добавлять \ n к каждой записи, чтобы сделать выходной файл читабельным.
Попробуйте это:
enter code here
import re
def main():
f = open('sirs.txt')
outputfile = open('sirs1.txt','w')
for lines in f:
match = re.search('(AA|BB|CC|DD)......', lines)
if match:
a = match.group()
print(a)
outputfile.write(a+"\n")
f.close()
outputfile.close()