Все веб-сервисы WSE (asmx) WSE3 и WCF (svc) работают нормально по SSL, в основном без изменений. Действительно, изначально TransportWithMessageCredential
режим безопасности WCF только работал бы по SSL.
Для удобства проще всего разместить веб-сервис в IIS и разрешить IIS работать с SSL (избавляет от необходимости связываться с сертификатами в коде или конфигурационных файлах).
Я также видел сбой в IIS (при обслуживании нескольких сайтов), когда конечная точка WCF на сайте не по умолчанию была недоступна через http (что-то связанное с сайтом), но работала нормально по https. Для надежной работы ему требовалась фабрика пользовательских сервисов (полностью отключив http, оставив просто https).