Самое простое, что можно попробовать - объединить 2 входных вектора. Таким образом, у вас будет 1 входной вектор длиной 12, и это станет проблемой обучения «из учебника» от R ^ {12} до R ^ {6}.
Недостатком этого является то, что вы теряете информацию о каждых 6 входах, поступающих из другого источника, но, по вашему описанию, это не похоже на то, что вы знаете много об этих источниках. В любом случае, если у вас есть какие-либо специальные знания об этих 2 источниках, вы можете использовать некоторую предварительную обработку (например, вычитание среднего значения или деление на стандартное отклонение) для каждого из источников, чтобы сделать их более похожими, но большинство алгоритмов обучения должны и без него нормально работает.
Что касается того, какой алгоритм попробовать, я думаю, что канонический порядок: линейные машины (персептрон), затем SVM, затем многослойные сети (обученные с помощью backprop). Причина в том, что чем мощнее машина, которую вы используете, тем больше у вас шансов соответствовать составу поезда, но меньше шансов соответствовать «истинной» схеме (переоснащение).