Первое, что нужно сделать, это удалить CF 2.0 с устройства. Вы не сказали, как они оба установлены, но я предполагаю, что вы добавили оба из каталога Platform Builder. Это фактически нарушает оба из-за совпадения SYSGEN в процессе сборки. В любом случае вам не нужно и то и другое, среда выполнения 3.5 загрузит и запустит сборку 2.0 без проблем.