Нет, они не будут вести себя одинаково. init создаст массив с некоторой неизвестной, но, скорее всего, ненулевой емкостью - независимо от того, что авторы решили, для большинства ситуаций было приемлемым значением по умолчанию. initWithCapacity:0 будет запрашивать массив без выделенного пространства. Это означает, что до реализации NSMutableArray: она может не допускать емкости 0 и вести себя точно так же, как init, или она может не выделять что-либо сразу и вместо этого выделять некоторую сумму (такую же, как init, возможно, или, может быть, нет), когда вам это сначала нужно.
То, что будет работать «лучше», полностью зависит от того, как вы ожидаете использовать массив. -init говорит: «У меня нет никаких ожиданий от этого массива; я либо буду добавлять и удалять из него много, либо он, скорее всего, будет довольно маленьким». -initWithCapacity: говорит: «Я ожидаю, что в обозримом будущем в этом массиве будет не больше, чем столько элементов».
О единственном месте, где я ожидал бы, что initWithCapacity:0 будет разумным, это если вы создаете массив, который вы не собираетесь заполнять чем-либо в течение достаточно длительного периода времени.
Обратите внимание, что здесь применяется стандартное предупреждение о производительности: это, вероятно, не проблема, если вы не профилируете и не определите, что это так. Я не могу себе представить ситуацию (за исключением тысяч и тысяч NSMutableArray объектов), где разница между этими двумя будет существенной.