sed -i 's,\.at(\([^\)]*\)),[\1],g' *.h *.cpp
должно работать для большинства простых выражений. Однако, если вы используете скобки внутри параметра для at (), это не будет работать.
grep 'at(.*).*)' *.h *.cpp
помогает вам идентифицировать эти случаи и преобразовать их до запуска указанного сценария sed.
P.S. Держите резервную копию (например, через VCS), если вы позволяете sed работать на месте, как здесь.
РЕДАКТИРОВАТЬ: должен был проверить этот сценарий sed перед публикацией. Исправлено и проверено.