Вы можете сделать это, не трогая файлы ядра.В index.php
вы видите последнюю строку: Mage::run($mageRunCode, $mageRunType);
.Здесь есть третий параметр, поэтому вы можете попробовать что-то вроде:
$params = array (
'options' => array(
'etc_dir' => 'your_dir'
)
);
Mage::run($mageRunCode, $mageRunType, $params);
Но в этом случае вам понадобится отдельная папка etc для каждого сервера.Возможно, это не то, что вы ищете.