Вероятно, это значок, показывающий, что файла нет в вашем хранилище. Чтобы удалить их, вам нужно удалить рабочую копию, удалить каталог .svn из вашего домашнего каталога (при условии, что у вас нет для этого законного использования), а затем удалить закладку из RapidSVN.
Обычно вы извлекаете файлы из репозитория в новый каталог, а не в тот, который уже содержит другие файлы. Руководство по началу работы на http://www.rapidsvn.org/index.php/Getting_to_know_RapidSVN
Редактировать: если вы хотите сохранить рабочую копию, вы также можете не показывать файлы из хранилища. В меню «Правка» снимите флажок «Показать неверсионные файлы».