вместо использования события unload, я бы рекомендовал прикреплять событие onclick непосредственно к тегам привязки.с помощью jquery это будет:
$('a').click(function(){
window.opener.top.location.href = $(this).attr('href');
window.close();
return false;
});
, хотя это несколько, скажем, необычный способ настроить навигацию таким образом, я не вижу никаких проблем, возникающих из-за этого (возможно, кроме путаницы с пользователем)