Вчера я столкнулся с той же проблемой.
Почему это произошло: у меня было два файла .proto с одинаковым относительным путем / именем в разных библиотеках (разные пакеты): lib1 / proto / config.proto, lib2/proto/config.proto
Решение очевидно: поместите ваши .proto файлы в разные каталоги и / или имейте уникальные имена .proto.
PS: я знаю, что это четырехлетний вопрос,но я надеюсь, что это поможет кому-то еще.