Происходит некоторое внутреннее упорядочение, оно следует определенным правилам, но вы можете переопределить эти правила.
Вот как вы указываете точный порядок файлов:
//controls ordering for javascript files, otherwise they are processed in order of AddFile calls
var bootstrapOrdering = new BundleFileSetOrdering("bootstrap");
//The popover plugin requires the tooltip plugin
bootstrapOrdering.Files.Add("bootstrap-tooltip.js");
bootstrapOrdering.Files.Add("bootstrap-popover.js");
BundleTable.Bundles.FileSetOrderList.Add(bootstrapOrdering);
UPDATE
Я перечитал ваш вопрос и понял, что вы удивились, увидев комментарии jQuery сверху. Это связано с другой причиной, чем внутренний порядок:
По сути, все комментарии в верхней части файлов извлекаются, объединяются и помещаются сверху, например, по причинам лицензирования. Часто вам не разрешается распространять библиотеку без лицензии поверх нее, и они обычно находятся в комментариях. Таким образом, команда ASP.NET позаботилась о том, чтобы они не пропускались при минимизации / связывании.