Решил проблему!
Я использовал масштаб вместо изменения границ представления.
Был
view.transform = CGAffineTransformMakeScale(1.0, scaleY.floatValue);
Должно быть
view.bounds = CGRectMake(view.bounds.origin.x, view.bounds.origin.y * scaleY.floatValue, view.bounds.size.width, view.bounds.size.height * scaleY.floatValue);
Где scaleY был рассчитан ранее и является NSNumber, который содержит масштабный коэффициент Y.
Нет необходимости устанавливать
view.contentMode = UIViewContentModeRedraw;
Спасибо DarkDusk за помощь.