По моему мнению, онтология - это скорее абстрактное понятие, в котором есть некоторые проблемы в отношении того, чего вы пытаетесь достичь. Онтология имеет философскую часть, которая заставляет мнение и человеческие идеологии влиять на результат.
State Machine более черно-белые, где в онтологии много серых областей.
Но если вы ищете какой-то хороший код конечных автоматов, я бы порекомендовал вам проверить StateProto и QHSM. Проект с открытым исходным кодом находится здесь: http://code.google.com/p/gqhsm/
Если производительность и код c # возрастают, вы можете скомпилировать Mono (компилятор C #) в основной режим.