На этот вопрос можно ответить несколькими способами.Я постараюсь помочь вам начать.
Прежде всего, я надеюсь, что вы написали свое приложение в модульной форме.Доступ по FTP должен быть в своем собственном модуле.Доступ к базе данных должен быть в другом модуле.Анализ и манипулирование данными должны быть в еще одном модуле.Все это должно находиться под контролем основного модуля.
После того, как ваше приложение разбито на модули, каждое из них должно быть проверено индивидуально.Создайте тест, который просто загружает файл.Создайте еще один тест, который просто помещает данные в базу данных.Создайте тест для манипулирования данными, который НЕ зависит от FTP или базы данных.
В этих тестах можно использовать инструмент тестирования, такой как nUnit.По мере того как условия раскрываются, вы должны добавить больше тестов.Сохраняйте свои тесты, они понадобятся вам в будущем.
Тогда и только тогда вы должны подумать о тестировании всего приложения как единого блока.