Переменная xnode
указывает уже на элемент URL .Просто пропустите второй запрос xpath:
string x = xnode.InnerText.ToString();
Но это означает, что вам нужно обновить часть кода удаления, поскольку узел xnode не указывает на элемент MyFavourite :
XmlNode favoriteNode = xnode.ParentNode;
favoriteNode.ParentNode.RemoveChild(favoriteNode);