В настоящее время я работаю над приложением JavaScript AIR, которое без проблем запускает jQuery на ПК с очень низкими характеристиками, и на самом деле поражает меня своей скоростью (стук по дереву!).Adobe недавно улучшила производительность JavaScript, поэтому, если у вас нет последней среды выполнения (в настоящее время 2.7), определенно воспользуйтесь этим.
Что касается самого jQuery, убедитесь, что вы используете минимизированные версии библиотек jQuery,и включайте только те, которые вам абсолютно необходимы.Всегда полезно сжимать изображения настолько сильно, насколько это возможно, поскольку перемещение больших изображений, очевидно, потребует большей вычислительной мощности.
Вы также можете взглянуть на эту статью о настройке производительности приложений AIR, хотя этососредоточена на разработке Flex и AS.
http://www.adobe.com/devnet/air/articles/air_performance.html
Удачи!