Вы можете перехватывать оконные события в SWT довольно легко.
Скрытие приложений из панели задач - это то, чего я не пробовал, и я предполагаю, что для этого требуется вызов какой-то встроенной функции.Я нашел пример с панелью задач, которая может быть отправной точкой здесь .