К вашему компьютеру может быть подключено несколько считывателей, вы просто назначаете им разные номера портов (что, в любом случае, ОС будет делать автоматически).
Есть много разных языков, которые вы могли бы использовать для передачи информации, считываемой считывателем штрих-кода, в вашу базу данных, и она действительно зависит от того, какой из них у вас больше всего знаком, хотя я бы не стал рекомендовать такой язык, как php скорее что-то вроде C #, C ++, Java, VB.NET, VB, Delphi и т. д. Также лучше выбрать тот, который будет работать на вашей целевой платформе.
Помните, что данные штрих-кода, как правило, являются символьной строкой, поэтому их не так сложно обработать.