Если это файл MSI, откройте его с помощью Orca, и вы сможете просмотреть имена файлов.
Для них обоих вы сможете выполнить административную установку, которая извлечет файлы, ноничего не регистрировать.В зависимости от того, откуда пришел exe-файл, изменения в административной установке устанавливаются, поскольку каждый поставщик (installshield, innosetup и т. Д.) Имеет свой собственный способ запуска административной установки.
для MSI это просто
msiexec /a <msi_filename>
Для exe вам нужно посмотреть, как передать аргумент / a.