вы можете записать пароль в файл скрипта и установить его права только для пользователя root.чем определить его в crontab.
никто не сможет увидеть его, если не войти в систему как пользователь root.если кто-то еще может войти в систему как пользователь root, пароль mysql не будет вашей основной проблемой.
также вы можете использовать определенного пользователя вместо root с только необходимыми разрешениями.