JPG - это пиксельный формат, который на самом деле не знает физических размеров, таких как число точек на дюйм.
Все, что вы можете сделать, - это записать значение dpi в метаданные файла в качестве помощи для дальнейшей обработки, но этопросто рекомендация, и это невозможно сделать с помощью библиотеки GD.
Для этого вам придется использовать стороннюю библиотеку.См., Например, второй ответ на этот вопрос: Как добавить данные exif к изображению?