У меня был похожий сбой при запуске MapKit в OS 4.x.
Под «подобным» я подразумеваю, что это было связано с КВО и наблюдателями, но я не помню деталей.
Проблема была:
У меня был класс, реализующий протокол MKAnnotation.
Но в этом классе я обращался к свойству координат без использования KVO (напрямую через соответствующий ivar):
_coordinate = ....
вместо
self.coordinate = ...
Похоже, что Mapkit теперь (начиная с OS 4) полагается на уведомление KVO для контроля положения аннотаций.