Вы, вероятно, установили 32-битную версию mono (которая работает на системах x86_64, подобных вашей), но mkbundle попытается скомпилировать с настройками компилятора по умолчанию (которые являются 64-битными) и найдет только 32-битную версию библиотеки.
Чтобы решить эту проблему, вы должны либо установить 64-битную версию mono в соответствии с вашей системой, либо (при условии, что вы также установите остальные 32-битные библиотеки, такие как libc и компиляторы) скомпилировать с mkbundle в 32-битном режиме, добавив Опция -m32 для командной строки компилятора, которую mkbundle печатает на консоли (вам также необходимо использовать опцию -c для mkbundle).