Я предполагаю, что вы используете задачу ExecuteDDL из библиотеки задач сообщества MSBuild. Если это так, я сталкивался с той же проблемой и раньше, и всегда обнаруживал, что скрипт завершается ошибкой, если я запускаю его вручную в SQL Management Studio.
Я рекомендую вам запустить два успешно выполненных сценария, а затем вручную запустить сбойный сценарий и убедиться, что в нем нет ошибок.