Самый простой подход, вероятно, был бы с инвертированным grep
:
$ grep -v pokosa < input > output
Возможно, вы захотите сделать вывод таким же, как ввод с некоторым дополнительным суффиксом, а затем выполните несколько diff: s для проверкичто он делает правильные вещи, прежде чем переименовывать поверх входных файлов.