На что обратить внимание:
stormfs_LDADD = $(LIBS) $(LIBGCRYPT_LIBS)
>> stormfs_LDFLAGS = $(STORMFS_LIBS)
(см. флаги компоновщика в неправильном месте здесь, на SO.)
Это должно быть:
stormfs_LDADD = ${LIBS} ${LIBGCRYPT_LIBS} ${STORMFS_LIBS}
(Это, однако, избыточно, потому что и LIBS, и STORMFS_LIBS содержат одно и то же значение, так же как я смотрел на сгенерированный Makefile.)
Edit:
nm -D /usr/lib64/libglib-2.0.so | grep g_list_free_full
0000000000042740 T g_list_free_full
Таким образом, libglib.so (ваш путь к нему может отличаться) включает g_list_free_full
как минимум в glib2-2.30.1. Согласно документации, эта функция доступна только после glib2-2.28, но ваша установка, вероятно, слишком устарела. Лучшее использование (и желательно только одна pkg-зависимость для каждой переменной, чтобы упростить обнаружение того, что именно из части [deps] не может быть найдено):
#configure.ac
PKG_CHECK_MODULES([libgthread], [gthread-2.0])
PKG_CHECK_MODULES([libglib], [glib-2.0 >= 2.28])