block.tpl.php отвечает за тематические блоки (те, которые вы найдете в admin/build/block в Drupal 6).
box.tpl.php не используется для чего-то конкретного, только для элементов темы, которые должны быть внутри блока. В частности, по умолчанию он используется для добавления оболочки вокруг комментариев и результатов поиска.