Вам необходимо рассмотреть ряд аспектов, не в последнюю очередь то, что вы сравниваете как с точки зрения количества данных. Возможно, есть и другие факторы, вызвавшие замедление.
Мой первый вопрос: почему вы изменили его на WCF? Была ли конкретная причина для этого - я знаю, что это правильный путь, но есть ли конкретная причина, по которой это нужно было изменить сейчас? Были ли какие-либо изменения в интерфейсе, которые могли бы иметь различные эффекты.
WCF может быть немного медленнее из-за обработки объекта, но он не должен иметь ничего подобного. Что все указывает на то, что реальная проблема в окружающей среде - что-то еще.