Не зная больше о вашем домене, сложно ответить на этот вопрос.Это больше относится к доменному управлению, чем к инфраструктуре MVC.Концепция, которую вы должны исследовать, называется Aggregates in DDD.Агрегат - это набор объектов модели, которые логически сочетаются друг с другом.Одной из моделей в совокупности будет корневой объект, который обрабатывает другие объекты модели в совокупности, включая постоянство.
У вас будет хранилище для каждого совокупного корня, а не для каждого объекта модели.Я бы порекомендовал пройтись по бесплатной загружаемой мини-книге от InfoQ под названием Domain Driven Design Quickly .Автор кратко изложил в этой мини-книге превосходную книгу Эрика Эванса «Дизайн, управляемая доменом».